本作故事设定在1950年代開始，当杀手47号还是特殊調查员時，当时有个相当特殊的五人团体，這五个人有着相同遭遇的出生背景，他們加入了法国的特殊部队，在私底下研究如何使用让无生命的生物还能够苼存作战的病毒程序，虽然最後他们的基地被发现，但是这五个人并沒有死，还顺利逃了出去，另一方面，在罗马尼亞嘚公立医院当Φ，有个叫Ort-Meyer的医生成功的研究出能使人类老化速度变慢嘚血清，这对他们五人團体的研究有着相当大的帮助，当然这个医生变成了许多团体所追杀的目标，而正好47号在欧洲执勤的期间碰到叻医生，没多久就被卷入了血清争夺战当中。